A malvada Federação do Comércio, dirigida por Nute Gunray (Carson) planeia assumir o pacífico mundo de Naboo. O Jedi Qui-Gon Jinn (Neeson) e Obi-Wan Kenobi (McGregor) são enviados para confrontar os líderes. Mas nem tudo vai conforme o plano. Os dois Jedis escapam, e em conjunto com o seu novo amigo Gungan, Jar Jar Binks (Best) avançam para Naboo para advertir a Rainha Amidala (Portman), mas droids já começaram a capturar Naboo e a Rainha não está segura aí. Eventualmente aterram em Tatooine, onde se tornam amigos dum jovem rapaz conhecido como Anakin Skywalker (Lloyd). O Qui-Gon está curioso sobre o rapaz, e antevê um brilhante futuro para ele. Agora o grupo deve encontrar uma maneira de chegar a Coruscant e finalmente resolver esta disputa de comércio, mas há outra pessoa escondendo-se nas sombras. Estão de fato os Sith extintos? Será que a Rainha é quem ela realmente diz que é? E o que de tão especial existe sobre este jovem rapaz?